Inició sus estudios de flauta en México y más tarde partió a Philadelphia para cursar la licenciatura en el Philadelphia College of Performing Arts (hoy Universidad de las Artes) de donde estudió bajó la guía de Adeline Tomasone, en aquel entonces flautista principal de la Opera y de la Orquesta de Filadelfia. Marisa obtuvo su licenciatura con la distinción Magna Cum Laude.

Becada por el gobierno francés llevó a cabo sus estudios de postgrado en Francia con Jean-Michel Varache en el Conservatorio de Versalles, donde obtuvo los primeros premios tanto en flauta como en música de cámara. Participó también en clases magistrales con distinguidos maestros como Jean Pierre Rampal y Alain Marion, entre otros.

Fundó el sello discográfico Urtext Digital Classics, empresa mexicana que dirige actualmente y que reúne el trabajo de distinguidos intérpretes y compositores del ámbito musical mexicano e internacional. El catálogo incluye cerca de 300 títulos y se distribuye en todo el mundo.  www.urtextonline.com

Marisa Canales recibió una nominación al GRAMMY Latino para mejor álbum clásico en la categoría de productora musical.  Hoy en día alterna su actividad empresarial con una agenda de actividades que incluye frecuentes actuaciones como solista de las orquestas más importantes del país y programas de música de cámara en México y el extranjero.

Se ha presentado en España, Alemania, Francia y Estados Unidos país en el que actualmente reside.  Ha actuado como solista con importantes orquestas como la Orquesta Sinfónica Nacional de México, la Orquesta Sinfónica de Minería, la Filarmónica Ciudad de México, las Orquesta Sinfónica de Xalapa y de Michoacán, la Sinfonietta de París y la Orquesta Sinfónica de Londres, con la que grabó el Concierto Caribeño que escribió para ella el famoso compositor y jazzman Lalo Schifrin, quien también dirigió dicha grabación.

Comprometida con la creación musical contemporánea, Marisa Canales ha comisionado y estrenado unas cincuenta obras entre las cuales casi treinta le han sido dedicadas por compositores de México y otros países del continente americano, entre los cuales se cuentan: Samuel Zyman, Eugenio Toussaint, Arturo Márquez, Manuel Enríquez, Gabriela Ortiz, Eduardo Angulo, Guillermo Diego, Julio César Oliva, Armando Luna, Leonardo Coral, Eduardo Gamboa, Lucía Álvarez, y Alexis Aranda. Compositores del Caribe, Sudamérica y Estados Unidos, como Lalo Schifrin, Ian Krouse y Andrés Posadas, entre otros, han escrito obras para Marisa Canales. Actualmente divide su tiempo y actividad profesional entre Boston y la ciudad de México.